变体猎人发现新毒株变异检测滞后的竞赛

在2月中旬,三个旅客停在机场在罗安达,安哥拉。即使在大流行期间,国家,石油工业的中心,见过很多乘客从欧洲和南非两个关于病毒的变异导致COVID-19占据主导地位。但压力还不广泛流传在安哥拉,这个冬天,卫生官员板条未雨绸缪。之前的护照盖章,旅行者获得快速抗原测试和等待30分钟。负面测试意味着self-quarantine,紧随其后的是另一个测试几天后。积极的测试意味着为期两周的呆在一个隔离的旅馆。三个旅行者,选择两个。

几周后,样本鼻子以南2000英里抵达南非,实验室的杜立欧de Oliveira夸祖鲁-纳塔尔大学的遗传学家。他是一个惊喜。的病毒感染了这三个旅行者没有像流行的菌株在其他绝大多数地方,包括那些贴上“变异的关切”的能力,其传播速度之快和逃避某些类型的免疫力。如果这些变异就像兄弟姐妹一样,这个更像是一个被遗忘的二表哥。它来自一个血统的病毒出现在早期的大流行后不久就消失了,显然与其他变体。然而,在这里,一年后。它一直很忙。病毒已积累了许多突变,包括许多相同的那些令人担忧的,因为增加的其他菌株传播性和免疫逃避。它已经到达一个类似的基因都在自己的结论。

数据的匮乏

新变种似乎已经走出流行病学的空虚。,在某种程度上,它,因为旅行者来自一个大流行的国家没有正式存在。去年6月,坦桑尼亚总统约翰•Magufuli宣布全国COVID-free,摆脱病毒通过三天的国家祈祷。从那时起,报告医生和非营利组织在“隐藏的流行”肆虐的国家告诉一样强烈。但是政府的数据已经蒸发了:没有测试或病例数或基因组序列。用这么少的信息三个genomes-it很难说这个新变种是什么意思。把它从何而来,其近亲属在哪里?是传播广泛,或这些情况只是巧合?在实践其突变令人担忧在纸上?De Oliveira和他的同事正在竞相回答这些问题。

这样的惊喜是在de Oliveira有些常见的工作。大流行以来,非洲实验室有上传不到12000人基因组GISAID,病毒的主要数据库序列,从北美与280000年相比,大陆只有不到一半的人口。大约一半的非洲基因组来自南非,de Oliveira的实验室是一个全国性的测序工作的核心。这意味着有很多差距。说:“这是关于艾玛·Hodcroft分子伯尔尼大学的流行病学家。“这是一个巨大的大陆,我们知道有COVID疫情发生。但是,除了南非之外,我们没有别的地方发生了什么好主意。”

最近几个月,De Oliveira一直在努力改变这种状况。12月初,实验室的基因组侦查在南非的情况下导致菌株的鉴定现在被称为B.1.351。变体现在波及全球,引起头痛,因为它是更耐某些疫苗的保护。这也是为南非邻国敲响了警钟。今年早些时候,de Oliveira的实验室,与非洲合作疾病控制和预防中心开始接受每周或每两周样本10个国家在非洲南部,努力的一部分追踪新发现的变异和其他人在欧洲大陆。第二个实验室,尼日利亚的非洲卓越中心传染病的基因组,或ACEGIP处理北方大陆的一半。共同的研究从安哥拉,该国的卫生部长,西尔维亚Lutucuta,周一出现作为预印本和尚未同行评议。

在过去的一年中,新兴大流行变异改变了微积分,迫使国家回封锁和重新考虑疫苗策略。基本上,现在是一个种族:让照片更多人帮助平息变异的传播和缓慢的出现新的。但在非洲,迄今为止,只有少数几个国家涓涓细流的疫苗,这个过程预计将花费更长的时间。和病毒不断复制和传播人,它还将继续改变对整个世界的影响。

说:“这将是崎岖不平的,基督教的宽松外衣,ACEGIP的导演。“在非洲大陆,我们找到了一批重大变异,有可能更多。“这不是不寻常的非洲国家共同努力,遏制疫情,他指出。并非所有国家都获得迅速紧缩这些基因组的测序仪器,和那些常常依赖于一个单一的商业实验室。因此政府和实验室已经学会合作,形成网络,利用先进的测序中心像他和de Oliveira应对突发疾病,而不是海外发送样品。2021年迄今,主动帮助双重病毒基因组测序在非洲的数量与2020年相比,具有生产50000年底前基因组的目标。

即使能力序列回升,这个过程仍然是具有挑战性的,宽松外衣说。高的速度无症状的情况下和有限的卫生保健访问意味着COVID-19测试导致基因组测序在一些地区是有限的。和不容易收集和储存样本来自索马里和寄给尼日利亚这样的国家,通过多种飞机和处理程序,使他们完全完好无损。从几百从摩加迪沙,在最近的一次交付的样本只有10的实验室获取完整的序列。

流行病在大流行

思考SARS-CoV-2变异的方法之一是一系列在大流行性流感流行。当变异第一次出现,或者当他们第一次到达一个新地方,他们就像余烬,准备着火,如果传播出现的机会,如果他们的突变使其竞争与其他菌株。但余烬也比普遍容易扑灭火灾。变异可以停在边境,爆发热点可以识别和猎人quashed-provided变体快速行动和撒一张大网。“我们需要一致且快速,因为这些变异往往主宰很快,”de Oliveira说。“你不想发现晚6个月,你有一个流行的毒株疫苗逃脱。”

边境检查的类型在安哥拉,应对激增与变异发现在附近的国家,是一个很好的例子,把监视行动,de Oliveira说。样品从机场不仅有了新菌株,但许多的例子B.1.351 B.1.1.7,变异的担忧首次发现在南非和英国,现在在世界范围内传播。他认为捕捉这些病例的早期是一个关键的部分原因安哥拉没有经验飙升邻国一样在今年年初。进行监视的时候旅游中心也会增加整体覆盖;研究人员没有办法做基因监测在坦桑尼亚,例如,直到这三个旅行者无意间看到了边境检查。

即使令人担忧的变体,可以跟踪它们已经影响公共卫生措施官员。“测序真的帮助因为你理解人类迁徙的模式变体,“宽松外衣说。在尼日利亚今年冬天,例如,政府越来越担心关于激增来历不明的。起初是不可能告诉如果病毒传播得更快,或者人类行为的原因。基因组测序显示由B.1.1.7,首次发现的变异在英国,允许卫生官员识别热点,重要的是,给公众一个解释为什么它是必要的削弱。同样的,当乌干达病毒研究所的研究人员还发现了一个新变种循环,监测带来了更多的测试在监狱和越野卡车路线,菌株被发现的地方人口最集中。

震惊了研究者关于标识的变体在坦桑尼亚的旅行者是远亲的其他变体问题。这是所谓的“家族”的成员——有时被称为“19血统”自2019年出现以来,最接近已知的相对于病毒首先涌入人类。“我的博士后发给我松弛的消息说,‘WTF血统吗? ?”比尔Hanage说,哈佛大学的流行病学家研究病毒进化。变异的血统还不时拿起,但在2020年初,他们中的大多数已经淘汰出局现在仍然统治B家族的成员。这一发现突显出人类网络病毒如何传播的力量,Hanage补充道。B-lineage变异明显获得突变使他们适合遍布世界,但如果他们也提振了运气吗?可能是病毒的B家族仅仅发生在生根在纽约市和意大利等人口密集的地方,和他们从那里接管世界。